1949年9月初，满目疮痍的房山周口店龙骨山出现了两个人，走在前边的是贾兰坡，另外一位是刘宪亭，他们是即将恢复周口店发掘工作的主持人，此行的目的就是为周口店发掘作前期勘察。

1949年1月31日，北平和平解放后，中央地质调查所北平分所为人民政府接收，后来改为北京地质调查所，归属华北人民政府经济委员会。新中国成立前夕的9月27日，经过周密的计划和前期勘察，发掘工作在贾兰坡和刘宪亭的主持下开始，共持续50余天，发掘期间，喜逢中华人民共和国成立，大约在11月下旬结束发掘。发掘期间，新生代研究室负责人裴文中和考古学家苏秉奇以及一些苏联专家曾先后来到龙骨山发掘现场。以往所发现的北京人全部化石都在抗战期间遗失，此次发掘出3颗“北京人”牙齿成为当时珍贵的北京人化石实物标本。此后自1951年，陆续对遗址进行发掘。

1955年5月29日，周口店遗址迎来了一批特殊的客人，他们是国家主席刘少奇及董必武、林伯渠。一同前来的还有邓小平、贺龙、杨尚昆、郭沫若、黄克诚、邓子恢、蔡畅、李伯钊等。在裴文中的陪同下，他们参观了中国猿人陈列馆，又前往遗址发掘现场看望了发掘人员，最后到第一地点猿人洞，兴致勃勃地观看了第一具北京人头盖骨的出土地点，刘少奇、朱德、董必武、林伯渠在猿人洞合影留念，这四位领导人还分别签名留念。邓小平、郭沫若也为周口店遗址现场题词。视察结束，刘少奇主席一行从遗址外的周口店火车站乘火车前往琉璃河水泥厂视察。

1958年，周口店发掘再度上马，前后历时3年，至1960年10月16日结束。

周口店遗址的发掘，总有出乎意外的结果。新中国成立后的几次发掘，均无太大收获，而在1966年和1967年，最惊人的成果先后问世。

1966年，发现北京人一块头骨，一块枕骨和一枚牙齿化石。新发现的头骨碎片，竟能与1934年及1936年发现的第5号头骨的两块颞骨合并成一具近乎完整的头盖骨，说明它们原本属于同一个体。由于早先发掘的头盖骨在“二战”期间离奇失踪，这具头盖骨成为北京人硕果仅存的头盖骨化石实物标本，堪称古人类研究的无价之宝。1967年，又一处人类化石遗址被考古专家在周口店遗址发现，1973年开始正式发掘。这个地点位于周口店龙骨山的南坡，距第1地点约70米，发现了一颗古人类左上第一前齿，经科学鉴定，年代介于北京人和山顶洞人之间，为10年前的早期智人，有人称之为“新洞人”。