（清）潘荣陛《帝京岁时纪胜》记载：“都城药王庙极多，其著名者四：一在东直门内，曰东药王庙；一在地安门外西步量桥，曰西药王庙；一在安定门内之西，曰北药王庙；一在天坛之北，曰南药王庙。”

南药王庙初为李诚铭献谄魏忠贤所建生祠，名“鸿勋”，建于天启七年（1627）五月，崇祯四年改为敕封药王庙。乾隆年三十年重修。至今已有380余年历史。1989年公布为崇文区文物保护单位。2010年至2015年对西部的三座大殿及配殿进行了挑顶大修，施工中出土了七块完整的碑身、10个碑座，1块碑首，断碑1块。寺庙东部的吕祖殿尚存。

《明史》卷三百六记载：生祠之建，始于潘汝祯，汝祯巡抚浙江，徇机户请，建祠西湖。六年六月疏闻于朝，诏赐名“普德”。自是，诸方效尤，几遍天下。其年十月，孝陵卫指挥李之才建之南京……七年五月，通政司经历孙如洌、顺天府尹李春茂建之宣武门外……户部主事张化愚建之崇文门，武清侯李诚铭（1974年中华书局点校本《明史》三百卷又作李铭诚）建之药王庙……每一祠之费，多者数十万，少者数万，剥民财，侵公帑，伐树木无筭……上林一苑，至建四祠。童蒙建祠延绥，用琉璃瓦。诏建祠蓟州，金像用冕旒……凡疏词揄扬，一如颂圣，称以“尧天帝德，至圣至神”……而华奎、诚铭辈，以藩王之尊，戚畹之贵，亦献谄希恩，祝厘恐后。最后，巡抚杨邦宪建祠南昌，毁周、程三贤祠，益其地，鬻澹台灭明祠，曳其像碎之。此疏至，熹宗已崩，庄烈帝且阅且笑。忠贤觉其意，俱书伪辞，帝辄报允。无何，忠贤诛，诸祠悉废，凡建祠者概入逆案云。

潘汝祯（1573－1627）天启甲子（1624年）榜眼，魏党中人。曾任逝江巡抚，于天启六年（1626）为魏忠贤建生祠，升为南京刑部尚书，后被诛杀。

武清侯李诚铭系外戚李伟之孙。《明史》卷三百记载：李伟，字世奇，漷县人，神宗生母李太后父也……神宗立，封武清伯，再进武清侯……万历十一年卒，赠安国公，谥庄简……子文全嗣侯，卒，子铭诚嗣。天启末，铭诚颂魏忠贤功德，建祠名鸿勋。庄烈帝定逆案，铭诚幸获免。

北京古籍文献中最早记述南药王庙的是刘侗、于奕正著《帝京景物略》。《帝京景物略》对庙祀伏羲、神农、黄帝诸神貌像以及从南药王庙山门南望天坛景致“黄垣一周，树头屯屯，方殿猗猗，圜丘苍苍”的描述颇详。“黄垣一周”也可佐证崇祯年间天坛的坛墙还是土筑之墙。“天坛临溪，溪当门”，说明那时天坛北面的外坛墙有郊坛河，三里河清澈的溪水经桥湾、水道子缓缓从南药王庙门前流向红桥，经法华寺、法藏寺等地流入南外城护城河。《帝京景物略》记载：天坛之北药王庙，武清侯李诚铭立也。庙祀伏羲、神农、黄帝，而秦汉来名医侍。伏羲，尝草治砭，以制民疾。厥像：虵身、麟首、渠肩、达掖、奯目、珠角、骏毫、翁鬣、龙唇、龟齿，叶掩体，手玉图，文八卦。神农，磨蜃，鞭茇，察色，齅尝草木而正名之，病正四百，药正三百六十有五，爰着本草，过数乃乱。厥像：弘身、牛颐、龙颜、大唇，手药草。黄帝，咨于岐雷而内经作，著之玉版。厥像：附函、挺朶、修髯、花瘤，衮冕服。左次，孙思邈，曾医龙子，出千金方乎龙藏者。右次，韦慈藏，左将一丸，右蹲黑犬，人称药王也。侧十名医：三皇时之岐伯、雷公，秦之扁鹊，汉之淳于意、张仲景，魏之华陀，晋之王叔和、皇甫谧、葛洪，唐之李景和，盖儒道服不一矣……左墀碑文书丹，俱恭顺侯吴惟英也。天坛临溪，溪当门，门瞻之，黄垣一周，树头屯屯，方殿猗猗，圜丘苍苍……

《帝京景物略》还载有莱阳左懋泰“药王庙”五言诗一首：

俨然药王祠，结甃依皇穹。男女趋朔望，石碣思鸿蒙。

披图者羲皇，炎帝嗅蒙茙。轩辕内经作，三圣相折衷。

后贤左右之，坐以列西东。一事有本末，资生宁终穷。

若金石草木，虻蛭施其躬。岐雷生相踵，今古无疲癃。

左懋泰(1597-1656)，字韦诸，号大莱，山东莱阳人，明崇祯七年进士，官至吏部员外郎。明朝灭亡，曾入李自成起义军，任起义军兵政府左侍郎，镇守山海关。1643年，吴三桂降清，引清军入关。起义军败西撤，左懋泰未随，也拒不降清，回山东故里。顺治六年，仇家告发左懋泰镇守山海关时有抗清嫌疑，因此获罪。全家百多口人被流放尚阳堡。顺治甲午年，左懋泰移居铁岭，顺治十四年赦为民，遂定居铁岭。左懋泰于戍所期间，励砥志节，勤于著述，在流人中很有威信，称他为“塞外高松”，诗文更为众人所倾倒，被公认为“天下文章”之大家。

《天府广记》《日下旧闻考》《宸垣识略》《京师坊巷志稿》诸书记述南药王庙史迹均简略。1988年刘殿凯先生撰文《北京的南药王庙》和1989年版《北京名胜古迹辞典》记述南药王庙供奉佛像情况较详。但对南药王庙的建筑形式规制、庙内法物等记述有所缺疏。尤其遗憾的是对南药王庙具有文物价值的，尚存13座石刻文献记载的石碑情况未涉足。

南药王庙西部原有砖石结构白色雕花拱券式山门，歇山顶，朱红色墙门额镌有五个醒目大字“敕封药王庙”，山门前蹲着两尊大铁狮子。进山门左右两侧竖着一对二三层楼高的大旗杆，每年腊月至正月底，旗杆顶上挂起大红灯笼，旗杆后便是钟、鼓二楼。

南药王庙西部的三层大殿，均坐北朝南。第一层正殿为药王殿，面阔3间，进深一间，前廊后厦，硬山顶、排山沟滴，清水脊，脊饰鸱吻与走兽，灰筒瓦屋面，内外梁枋施旋子彩绘，垂带踏跺三级。正殿供奉伏羲、神农、黄帝等泥塑神像，如《帝京景物略》所描述。孙思邈是唐朝华原（今陕西耀县）人，精通医药，著有《千金方》，人称药圣；韦慈藏是唐朝京兆（今陕西关中）人，善医术，自武则天后为众医所推崇，人称药王。东、西两侧配殿各面阔3间，前出廊。东配殿供马王爷和龙王爷，传说马王爷有三只眼，主管天下飞禽走兽，龙王爷管风调雨顺。西配殿供月下老人。

第二层正殿为玉皇殿，建筑规制规模与第一层药王殿相同。正殿东南角辟有骑墙便门。玉皇殿供奉玉皇大帝塑像，两侧分立四大天王和陈列兵器。东配殿供奉斗母娘娘，相传她是北斗众星之母，礼拜斗母可以救苦除难。西配殿供奉九位圣母：王母娘娘、子孙娘娘、收生奶奶、眼光奶奶等，由她们分别主管天下妇女中的不孕、难产、小孩疾病等，因之过去妇孺常去烧香还愿。

第三层大殿为三清殿，面阔5间，进深三间，前出廊，硬山顶、排山沟滴，清水脊，脊饰鸱吻与走兽，灰筒瓦屋面，内外梁枋施旋子彩绘，垂带踏跺三级。正中供奉玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清太上老君。两侧分别供着道教所信奉的其他十几位天神。三清殿正西，并排而立的原有一座二层小楼，楼下是关公殿，楼上为唐明皇殿。当年京城唱大鼓的、说相声的曲艺界人士，在每年四月十八日都到唐明皇殿焚香祭祀祖师爷。新中国成立前曲艺界的刘宝全、姚俊英、常连安等每年都到此进香。

南药王庙初建时只有药王殿、玉皇殿和三清殿及各配殿等。清康熙三十二年建木楼和药王寝宫。乾隆三十年建戏楼、文昌及真武二殿，吕祖殿和东面的平房大多是嘉庆以后所建。

2015年笔者仔细勘查，意外发现东晓市街99号蛮子大门院内吕祖殿尚存，面阔三间，硬山顶，筒瓦屋面，现为民居。尚存的吕祖殿是南药王庙东部建筑群唯一的遗存。现存吕祖殿北面有三间后盖的北房，再往北即第十一中学1956年建的三层灰教学楼。

南药王庙东部建筑也贯穿在南北轴线上。与山门并列平行的有一排临街罩房，现为东晓市街99号蛮子大门院位置。面对罩房第一层殿即吕祖殿，供奉八仙之中的吕洞宾。其后有文昌殿、真武殿。相传文昌是北斗七星之上六颗星的总称，主宰人间功名禄位之神。真武就是传说中的玄武，在北方，它同青龙、白虎、朱雀合称四方之神。真武殿后有一座带罩棚的大戏楼，当时城南一带的士商、梨园、行会等祭祖时常来此处办堂会。戏楼北是药王寝宫，宫内供奉着药王爷和十大名医，在它西边还有一个小配殿，供财神爷赵公明。最后是一栋二层上下开间各七间半的木楼，楼上供奉东王公、太阳公、东岳大帝、灶王爷、南北五祖等几十位神像，大多为木雕、少为铜铸神像，楼下存放祭神的用品杂物。这组建筑东边有七、八个小院落，多为僧舍，后来大部分用于停灵和出租。

北京市档案馆存，1928年北平特别市政府寺庙登记中的南药王庙（档号J181-15-316）记载：药王庙坐落外五区东小市四十四号，建于明，属私建。庙面积东西宽十一丈五尺，南北长三十八丈九尺，殿宇二十四间，群房二十间；附属茔地三亩，位于永定门外二郎庙，附属房屋八十一间，又戏楼一座。管理及使用状况为除殿宇二十四间外，计租赁者二十二间，其余房屋自住以及经理商业。庙内法物有三皇等像一百二十尊，铁钟一口，铁磬四口。

北京市档案馆存，1936年北平市政府第一次寺庙总登记中的南药王庙（档号J2-8-1196)记载：药王庙坐落外五区崇文门外东晓市四十四号，建于明，乾隆年间重修，不动产房基地十一亩三分，房屋二百十四间。附属茔地三亩，位于永定门外二郎庙。管理及使用状况为供神外自住出租。庙内法物有神像二百三十位，礼器一百四十一件，乐器八件，法器二十七件，铁狮子两座，神龛二十七座，供桌四十五张，另有石碑十四座，又二座，井一眼，旗杆两根，槐树等十四棵。

南药王庙自始建之日起，每逢初一、十五两日有庙会。（清）潘荣陛《帝京岁时纪胜》记载：岁之四月中旬至廿八日为药王诞辰，香火极盛；惟除夕至元旦彻夜不断。拜庙进香者多不得入庙，于神路街外设香池数处，焚香遥拜。庙西为金鱼池，育养朱鱼，以供市易。都人入夏，结棚列肆，狂歌轰饮于池沼之上。旧传有瑶池殿，今不可寻矣。居人界池为塘，植柳覆之，岁种金鱼以为业。池阴一带，园亭甚多，南抵天坛，芦苇兼葭，一碧万顷。

陈宗藩著《燕都丛考》记载：庙内设有戏楼，规模宏大，现已作为药行公会，余房并出租为各行堆货房。现在盛称庙内某字号之油炸蜜供为最驰名云。

清中期以后，南药王庙香火逐渐冷落。但来此赶庙会的人越来越多。庙内以卖各种风味小吃为主，庙外商贩云集，各种玩艺、风筝、干鲜果品等应有尽有，叫卖声不绝于耳。每月逢朔望之日，以药王庙为中心，逐渐形成了一个商贩贸易市场。同时鲁班馆一带以同兴和、龙顺成等为代表木器作的兴起，由此东晓市街便发展繁荣起来，这种情况一直延续到北平和平解放前夕。

南药王庙作为东城区文保单位，其历史文化深厚，祈盼能够早日对外参观开放。