在侯仁之先生主编的《北京历史地图集》上，元皇宫的位置被包含在明紫禁城的建筑群中。单士元先生在他的《故宫史话》一书中，用不容置疑的口吻写道：“元大内的中轴线，就是明紫禁城的中轴线。”——这也是当今许多专家学者的共识。

笔者认为，这个说法值得商榷；元大内的位置应该在明紫禁城之西。

元朝统治者建大都城，是以琼华岛为中心的。琼华岛曾是金朝皇帝的离宫——万宁宫。金朝灭亡以后，琼华岛的建筑遭到严重破坏。至元元年（1264年）二月，元世祖忽必烈下令“浚太液池，峙万岁山”，并重建广寒殿。当年十月，忽必烈就在“万寿山殿”接见了高丽国王，说明新殿已经落成，忽必烈已然在这里临朝听政。至元四年（1267）忽必烈授命刘秉忠规划建设大都城，实际动工是在至元九年——这个时间点证明：元大内的建造先于大都城。

大都城的总设计者是刘秉忠。据《元史》记载，此人“尤邃于《易》及邵氏（即邵雍）《经世书》，至于天文、地理、律历、三式六壬遁甲之属，无不精通”。根据他的这种知识结构，他规划大都城的理论依据，必然是道家的八卦、堪舆。按照风水理论，他把琼华岛作为元大内的镇山。所以，琼华岛才被叫做万岁山、万寿山。于是，皇宫坐落于琼华岛之南、太液池之东岸，就顺理成章了。

亲眼看到过元故宫的明初人肖洵，在他所写的《故宫遗录》里说，元皇宫以琼华岛为中心，修建了大明宫、隆福宫、兴圣宫，形成三宫鼎立里的局面。这样的话，大明宫应位于太液池东岸，在今天的北长街以西。《日下旧闻考卷二十九·宫室》“臣等谨按”说：“元代宫室，考之《昭俭录》及《析津志》《北京志》，大内在太液池东。……明永乐间改建宫城，又在元大内迤东。”

元人熊梦祥著的《析津志》里记载：“世皇（忽必烈）建都之时，问于刘太保秉忠定大内方向。秉忠以今丽正门外第三桥南一树为向以对。上制可，遂封为独树将军，赐以金牌。”看来当时这里树木很少，只有这棵孤零零的“独树将军”——笔者认为，这棵“独树将军”与琼华岛的连线才是元大内的子午线。从“丽正门外第三桥”的表述来看，三座桥坐落在同一条路上，这条路很可能是连接金中都到琼华岛（万宁宫）的御路。那么，元代的丽正门也不在今天安门的位置上，而应该在天安门西约一里的地方。

明朝在琼华岛之东再堆起一座土山——景山，是元大内不在明宫子午线上的又一证明。琼华岛是元大内的镇山；景山是明紫禁城的镇山，它也曾叫过万岁山。正因为明紫禁城东移，琼华岛不能再充当镇山，所以才又堆起一座。

孙承泽在《天府广记》中说：永乐十五年，“改建皇城于东，去旧宫一里许”。旧宫，指元故宫。为了把元大内的位置固定在明清紫禁城的位置上，单士元先生把旧宫误指为西宫，很没有道理。孙承泽说：“初，燕邸因元故宫”——当初朱棣以元故宫为燕王府邸。元故宫，当然包括大明宫还有琼华岛。《明史·姚广孝传》：“燕邸，故元宫也，深邃。道衍（姚广孝）练兵后苑中。穴地作重屋，缭以厚垣……日夜铸军器，畜鸭鹅乱其声”。这段记载说，朱棣在发动“靖难之役”前，以元大内为王府。姚广孝在燕王府邸里练兵、铸造兵器。为了不让外界听到声音，畜养了大批鸭鹅——这么大的动静，自然须要有大片空间和广阔水域。

另据《明太祖实录》：明太祖封朱棣为燕王，“命工部于皇城旧基建府”。洪武十二年十一月，燕府营造讫工，绘图以进。其制：王城四门，东曰体仁，西曰遵义，南曰端礼，北曰广智。门楼廊庑二百七十二间，中曰承运殿，后为圆殿，次为存心殿……王城之外，周垣四门，南曰灵星……凡为宫殿室屋八百一十一间——这么多房屋殿宇，只能是占据了整座元皇宫。尤其值得注意的是承运殿，体量为十一间，这规模跟清太和殿相当。笔者认为，这应该就是元朝的大明殿。

朱棣当了皇帝后，将全国的政治中心移至北京。《明典汇》：“永乐十四年八月，作西宫。初，上（永乐皇帝）至北京，仍御旧宫。及是，将撤而新之，乃作西宫，为视朝之所。”这段记载说得很明白：永乐初年，朱棣一直在旧宫视朝听政——旧宫，即是在元大内基础上兴建的燕邸。这会儿要兴建新的紫禁城了，于是先建西宫，作为拆迁周转的临时视朝之所。西，指旧宫之西，不是紫禁城之西，因为这会儿紫禁城还没个影儿呢。西宫的位置，在今西安门内以南，嘉靖年间以后才荒废。

永乐十五年，西宫建成，开始“鼎建北京宫殿”。永乐十八年十一月，紫禁城完工，“燕邸旧宫及太液池东之元旧内，并为西苑地”——旧元大内也好，旧燕邸也好，都划进西苑（今中南海加北海）之内了。这是清朝的大臣们说的。“而宫城则徙而又东”。

上述材料可以说明：元大都的皇宫，并不在这条明朝才出现的中轴线上。